Фамилия Берберяан — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений в происхождении. Это армянская фамилия, образованная по классической восточноармянской модели с суффиксом -ян, который заменяет более древний -янц и означает принадлежность к роду, происхождение от предка. Основа фамилии — Бербер. В русском языке двойное «а» на конце («Берберяан») — это либо особенность передачи на письме армянского долгого гласного, либо результат адаптации фамилии в советских паспортных столах, где иногда удваивали буквы для точности произношения. В самой Армении фамилия чаще пишется как Берберян.

Корень «бербер» в армянском языке имеет два основных значения. Первое и самое прямое — «бербер» как этноним, то есть указание на берберское происхождение предка. В средневековье через Армению проходили торговые пути, связывающие Ближний Восток с Северной Африкой, и выходцы из берберских племён могли оседать в городах. Второе, более вероятное для массового бытования, — прозвище от армянского слова «бербер» (բերբեր), означающего «грубый», «неотёсанный», «диковатый». Такое прозвище мог получить человек с резким нравом, нелюдимый или, наоборот, живший в отрыве от цивилизации — например, в горах.

Суффикс -ян указывает, что фамилия закрепилась в среде, где армянский язык был основным, а не в диаспоре, где часто использовали окончания -ов или -ев. В Российской империи носители фамилии Берберяан встречались преимущественно в Закавказье, особенно в Тифлисской и Елизаветпольской губерниях, где были крупные армянские общины. Сословно это могли быть как ремесленники и торговцы, так и крестьяне — армянские фамилии на -ян не несли социальной маркировки в отличие от русских дворянских окончаний.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа (прозвище или этноним) плюс патронимический суффикс. Её однокоренные аналоги у других народов — Берберов (русская адаптация), Бербероглу (турецкая модель). В армянской ономастике фамилия не считается ни особенно древней, ни новой — она типична для периода формирования фамилий в XIX веке, когда прозвища окончательно закреплялись за родами. Спорных версий практически нет: арабское или тюркское влияние на корень маловероятно, так как в этих языках «бербер» тоже отсылает к берберам, а не к другому понятию.