Фамилия Бердеников образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ик + суффикс -ов. Суффикс -ик в фамилиях часто указывает на принадлежность к чему-либо или на профессию, а -ов — классический патронимический суффикс, означающий «сын». Таким образом, Бердеников — это «сын Берденика». Центральный вопрос — что скрывается за основой «Берден-».

Самая прямая и очевидная версия отсылает к слову «бердо» — детали ткацкого станка, гребню для прибивания утка к основе ткани. В русских говорах «берденик» или «бердник» — это мастер, изготавливающий такие гребни. Ремесло было узкоспециализированным, но востребованным в крестьянском хозяйстве. Фамилия, скорее всего, возникла в среде ремесленников или крестьян, где прозвище по роду занятий было естественным способом идентификации. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где было развито домашнее ткачество, хотя точных переписей по ней нет.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркским словом «берден» (крепкий, сильный). В этом случае фамилия могла возникнуть на южных рубежах или в среде служилых людей, контактировавших с тюркскими народами. Однако против этой версии говорит русский суффикс -ик, который редко присоединяют к иноязычным основам в форме прозвища — обычно такие заимствования давали фамилии сразу с -ов. Поэтому версия с ремеслом «берденик» выглядит гораздо убедительнее.

Фамилия не относится к числу дворянских или широко известных. В дореволюционных источниках она встречается в основном среди крестьян и мещан. Сейчас носители живут в разных регионах, но заметной концентрации нигде нет. Это типичная «рабочая» фамилия, рассказывающая о конкретном деле, которым занимался предок: делал гребни для ткацкого станка.