Фамилия Берденников образована от прозвища Берденник. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «мастер, выделывающего бёрда, то есть гребни ткацких станков». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Берденник, со временем получил фамилию Берденников.