Фамилия Берденников происходит от прозвища Берденник. В основе лежит слово «бёрдо» — гребень ткацкого станка, деталь, через которую пропускали нити основы. Берденником называли мастера, который эти бёрда изготавливал. Ремесло было узким и требовало точности: бёрдо делали из дерева или металла, и от его качества зависела плотность и ровность ткани. Прозвище закрепилось за человеком, а его дети и внуки стали Берденниковыми.

Модель образования простая: суффикс -ник указывает на деятеля (сравните: бондарь — бондарник, плотник), а фамильный суффикс -ов добавляет значение «сын» или «потомок». В ономастической литературе такой тип относят к профессиональным фамилиям, распространённым в центральных и северных губерниях России, где было развито домашнее ткачество.

Интересно, что в старых говорах слово «бёрдо» могло звучать и как «бердо», без мягкого знака. Отсюда же пошли однокоренные фамилии Бердов, Бердников, а Берденников — одна из редких форм, сохранившая суффикс -енник, который в некоторых диалектах заменял более привычное -ник. Так что носитель этой фамилии почти наверняка происходил из семьи ремесленников, работавших с ткацким оборудованием, и его предок был не просто крестьянином, а специалистом по изготовлению одной из ключевых деталей станка.