Фамилия Бердикожаев — типичный пример тюркской патронимической модели, где основа имени предка превратилась в наследственное родовое прозвание. Она образована от мужского имени Бердикожай, и в ней легко прослеживаются два смысловых пласта, характерных для казахской и шире — тюркской ономастики.

Разбор имени-основы стоит начать с первой части — «берди». В древнетюркском это слово означало «дар (божий)», «бог дал». Это распространённый компонент в составных именах, который встречается, например, в именах Бердибек, Бердимурат и других. Вторая часть — «кожай» — восходит к персидской именной основе «хожа» (или «ходже»), что переводится как «начальник», «господин», «владелец», «учитель», «мудрец». В казахском языке это слово закрепилось в форме «Кожа» — так произносят и пишут имя Ходжа. Завершающий элемент «-ай» — типичный для тюркских имён уменьшительно-ласкательный суффикс, который придаёт имени оттенок близости или уважительного обращения.

Складывая части, получаем имя Бердикожай — «дарованный господин» или «бог дал хозяина». Вероятно, называя сына таким именем, родители желали ему власти, богатства и мудрости, то есть закладывали в имя программу социального успеха. Впоследствии потомок человека по имени Бердикожай получил фамилию Бердикожаев — по стандартной для многих тюркских народов модели: к основе имени добавлялся русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкой основы).

Интересно, что фамилия эта — редкая даже по казахстанским меркам. Она не встречается в массовых списках распространённых фамилий, а значит, скорее всего, происходит из конкретного рода или небольшого аула. Географически её носители чаще всего связаны с южными регионами Казахстана, где традиция составных имён с компонентом «кожа» особенно сильна. В отличие от фамилий на -ов, которые массово закреплялись за счёт русской административной системы в XIX–XX веках, Бердикожаев могла оформиться и раньше, в среде казахской знати или духовенства, где имя «Кожа» указывало на происхождение от пророка или на учёный сан.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Бердикожин, Бердикожа, Кожаев, — то форма Бердикожаев оказывается наиболее полной и архаичной: она сохранила и суффикс -ай, и русское окончание в полном виде. Это позволяет предполагать, что фиксация фамилии произошла в письменных документах сравнительно поздно, уже после того, как имя бытовало в устной традиции несколько поколений.