Фамилия Бергалина с высокой вероятностью происходит от тюркского прозвища. Основа «бергали» или «биргали» восходит к двум корням: «бир» (один, единый) и «гали» (от арабского «али» — высокий, великий, могущественный). Имя Биргали или Бергали было распространено у татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов, где часто давали составные имена с религиозным оттенком. В данном случае имя могло означать «единственный великий» или «единый и возвышенный», что нередко служило эпитетом для Всевышнего в исламской традиции.

Суффикс «-ин» указывает на русскую модель образования фамилии от основы, оканчивающейся на гласную или мягкий согласный. Фамилия Бергалина — это форма женского рода, мужской вариант — Бергалин. Такие фамилии обычно получали дети или жена человека, которого в округе знали как Бергали. То есть предок носительницы фамилии, скорее всего, был мужчиной по имени Бергали. В русской среде прозвища и имена инородцев нередко адаптировали именно так: добавляли типичный русский суффикс принадлежности.

Географически фамилия Бергалина встречается преимущественно в регионах Поволжья, Приуралья и Западной Сибири — там, где исторически компактно проживают татары и башкиры. Встречается она и среди казахов, но в форме Бергалин или Биргалин. В русских документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировали у крещёных татар или у тех, кто переходил в православие, меняя имя, но сохраняя родовое прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с немецким топонимом Берг (гора) или фамилией Берг, но окончание «-алина» в таком случае выглядит искусственным. Тюркское происхождение подтверждается и тем, что в татарском языке существует слово «биргали» как вариант имени, и тем, что фамилия не встречается в западноевропейских списках переселенцев. Так что основная версия — антропонимическая, от личного имени с религиозным значением.