Фамилия Бернаева — женская форма фамилии Бернаев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован по стандартной для русских фамилий модели: основа плюс суффикс -ев. Суффикс -ев указывает на принадлежность (чей? — сын Берная), а значит, в основе лежит личное имя или прозвище Бернай. Это имя — не славянское, а тюркское, и здесь кроется главная особенность фамилии.

Вероятнее всего, Бернай — это вариант тюркского имени Бирнай или Бернай, которое состоит из двух частей: «бер» (дай) и «най» (монета, деньги). Дословно — «дай денег». В кочевой среде такие имена-пожелания были распространены: родители могли назвать сына Бернаем, надеясь на богатство и удачу в делах. Встречается это имя у башкир, татар, казахов. В пользу тюркского происхождения говорит и типичная огласовка: в русской записи «е» на месте тюркского «и» или «ә» — явление частое.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с древнерусским словом «берно» — бревно, но тогда фамилия звучала бы как Бернов (с суффиксом -ов) или Бернин (с суффиксом -ин). Форма Бернаев для русского прозвища от «берно» нехарактерна. Поэтому тюркское происхождение и имя-пожелание — основной и логичный путь.

Географически фамилия Бернаева чаще всего встречается в Поволжье и на Урале, особенно у татар и башкир, а также среди русских, долго живших в смешанных с тюрками регионах. Предки носителя фамилии — скорее всего, человек по имени Бернай, живший в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись. Он мог быть торговцем, ремесленником или крестьянином, но прозвище его говорило о надежде на финансовое благополучие.

Однокоренные фамилии — Бернаев, Бернай, Бернаевский — встречаются редко, что делает Бернаеву не массовой, а вполне локальной фамилией с чёткой этнической привязкой.