Фамилия Бернацких — один из характерных примеров севернорусской модели фамилий на -их/-ых. Такая форма указывает на принадлежность к роду или дому: Бернацких буквально означает «из семьи Бернацкого». В центральных и южных регионах России закрепились фамилии на -ов/-ев или -ин, а на Русском Севере, в Сибири и в некоторых областях Поволжья предпочитали окончание -их/-ых. Поэтому носители фамилии Бернацких, скорее всего, происходят из этих регионов.

Основа фамилии — Бернацкий. Это, в свою очередь, типичная польская или западнорусская фамилия, образованная от имени Бернат — народной формы латинского имени Бернард (Bernardus), которое означает «сильный как медведь». Суффикс -цк- указывает на шляхетское или дворянское происхождение в Польше, но на русской почве он мог указывать на переселенца из Речи Посполитой или на человека, получившего прозвище по месту жительства — из местечка типа Бернатово или Бернаты.

Таким образом, предок носителей фамилии Бернацких мог быть либо поляком или белорусом, перебравшимся на север России, либо русским, чью фамилию адаптировали под местный говор, добавив окончание -их. Интересно, что в польском языке фамилия звучала бы как Бернацкий (Bernacki), а русская форма с -их «законсервировала» более старую притяжательную конструкцию. Другие версии, связывающие фамилию с тюркским корнем «берна» (дающий) или греческим «берна» (грязь), выглядят надуманными, так как не объясняют ни суффикса -цк-, ни типичного для славянских языков звучания.