Фамилия Бернотас — это не литовская по происхождению, а скорее прибалтийская по форме, но с германскими корнями. Она образована от имени Бернот, которое является сокращённой формой имени Бернард. Имя Бернард, в свою очередь, восходит к немецкому Бернхард (Bernhard), что составлено из двух элементов: ber(n) — «медведь» и hard — «смелый, храбрый, сильный». Таким образом, предок носителя этой фамилии, вероятно, получил имя, означавшее «сильный, как медведь» или «храбрый медведь».

В средневековой Германии и Нидерландах имя Бернард было одним из самых популярных, наряду с именем Арнольд. Его давали в честь святого Бернарда, основавшего в Альпах монастырь, где принимали путешественников. В честь этого монастыря назван горный перевал Сен-Бернар, а также порода собак сенбернар, которых монахи использовали для спасения людей из-под снежных лавин. Так что имя, лежащее в основе фамилии, несёт в себе и отсылку к монашескому подвижничеству, и к силе.

Фамилия Бернотас оформлена по литовской модели: характерное окончание на -ас указывает на мужской род в литовском языке. Это типичный случай, когда балтийская по форме фамилия скрывает западноевропейское имя. Подобные заимствования происходили через немецкое влияние в Прибалтике, особенно в среде крещёного населения.

О реальных носителях фамилии сохранились документальные свидетельства. В Книге памяти Свердловской области записан литовец Бернотас Апполинарий Доминикович, родившийся в 1903 году в местечке Вижуны Ковенской губернии (нынешняя Литва). А в Книге памяти Пермской области отмечен Бернотас Иван Иванович, рождённый в 1893 году в деревне Шавдыня Вежинской волости той же губернии. Оба примера показывают, что фамилия была распространена среди литовских крестьян Ковенской губернии, а в советское время её носители оказались в разных регионах России.