Фамилия Беспальчикова образована от прозвища Беспальчий — так в старину называли человека без одного или нескольких пальцев на руке. Основа прозрачна: приставка «без-» и корень «палец». Прозвище могло быть дано по физическому недостатку, полученному в бою, на промысле или в быту. В русских говорах «беспальчий» встречается и в переносном смысле — о неумелом, неловком человеке, у которого «всё из рук валится», но это значение, скорее всего, вторичное.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа Беспальч- (от «беспальчий», где суффикс -ий дал чередование к/ч) плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Полная форма Беспальчиков буквально значит «сын Беспальчего». Женский вариант Беспальчикова — это форма жены или дочери, закрепившаяся в документах.

Фамилия редкая и географически привязана к центральным и южнорусским областям. По данным переписей и метрических книг, Беспальчиковы чаще встречались в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях — регионах, где было развито ремесло и кустарные промыслы, а травмы рук случались нередко. Встречаются варианты написания: Беспальчиков и Беспальщиков (с чередованием ч/щ), но первый считается основным.

Однофамильцы с похожей основой — Беспалов, Беспальцев, Беспалый — все они указывают на тот же признак, но с разными суффиксами. Беспальчиков стоит особняком из-за суффикса -чик-, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на прозвище, образованное от прилагательного с уменьшительным или уничижительным оттенком.

Сословная принадлежность предков Беспальчиковых, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — прозвище по физическому недостатку редко становилось основой для фамилии знатного рода.