Фамилия Бетеньков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы на мягкий согласный или на -а/-я к ней добавили суффикс -ов, а затем типичное окончание. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Бетенька. Это уменьшительная форма от имени Бетя, которое в свою очередь является кратким вариантом от имён Бетан, Бетин или Бетон. В старину так могли называть человека с какой-то особой приметой или привычкой, но точное значение исходного слова сегодня неочевидно.

Вероятнее всего, корень восходит к диалектному глаголу «беть» — бить, колотить, стучать. В таком случае Бетя — это прозвище драчуна, забияки или, наоборот, человека с тяжёлой рукой, например, кузнеца или молотобойца. Параллель можно провести с фамилией Бетин, которая также встречается в русских говорах, и с более редкой Бетенькин — они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Слово «беть» фиксируется в северных и сибирских говорах, поэтому географически фамилия Бетеньков могла закрепиться именно в этих регионах.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с тюркским или финно-угорским субстратом, где «бет» могло означать «лицо», «лик» или «сторона». Однако в русской ономастике для фамилий на -еньков типичнее славянская основа, и версия с драчуном выглядит убедительнее. Суффикс -еньк- в прозвище Бетенька придаёт ему ласкательный оттенок: так могли звать не просто Бетю, а младшего или любимого сына Бети. Со временем это домашнее имя закрепилось как фамильное.

Сословно Бетеньковы, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам, поскольку фамилии на -ов от прозвищ с уменьшительными суффиксами типичны для непривилегированных слоёв. В дворянской среде такие формы встречаются редко. В архивных записях фамилия попадается спорадически, без плотного гнезда в одном уезде, что говорит о её относительно позднем оформлении — не ранее XVII–XVIII веков. По сравнению с массовыми Ивановыми или Смирновыми, Бетеньков — редкая фамилия, сохранившая в себе отголосок живого диалектного слова.