Фамилия Бетенькова образована от мужского имени или прозвища Бетенька. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Бенедикт (в русской народной традиции — Венедикт, от латинского benedictus — «благословенный»). В разговорной речи имя Бенедикт могло сокращаться до Бетя, Бетенька, как Веня или Беня. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Бетенькóва, хотя в разных регионах возможны варианты.

Суффикс -ов- в составе фамилии указывает на типичную русскую модель образования: притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?». Бетеньков — буквально «сын Бетеньки», то есть потомок человека по прозвищу Бетенька. Окончание -а в женском роде (Бетенькова) не меняет смысла: это форма жены или дочери Бетенькова.

В отличие от фамилий на -ин (например, Бетенькин), форма на -ов характерна для северных и центральных областей России, а также для казачьих и сибирских говоров. Если бы фамилия звучала как Бетенькин, это указывало бы на основу, оканчивающуюся на -а или -я (Бетенька → Бетенькин), но здесь мы видим типичный «овский» вариант, что говорит о возможном влиянии деловой письменности, где закрепилась полная форма прозвища.

Встречается редкая версия, что Бетень — это диалектное прозвище от слова «бетень» (в рязанских и тульских говорах так называли ленивого, неповоротливого человека). Однако эта гипотеза слабая: прозвище Бетень дало бы фамилию Бетенев или Бетеньев, а не Бетеньков. Поэтому основное объяснение — через имя Бенедикт — остаётся наиболее убедительным.

Фамилия не относится к числу распространённых, но встречается в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, а также среди потомков казаков. Это позволяет предположить, что предки Бетеньковых могли быть крестьянами или однодворцами, нёсшими сторожевую службу на южных рубежах России. В писцовых книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков фамилия не зафиксирована, что указывает на её относительно позднее оформление — скорее всего, в середине XIX века, когда крестьянам стали массово присваивать фамилии по отчествам.