Фамилия Бейдин по самой распространённой версии восходит к башкирскому мужскому имени Байды. Его основа — тюркское «бай», то есть «обильный, состоятельный», к которой добавили имяобразующую частицу –ды. Нарекая сына таким именем, родители желали ему счастливой и благополучной жизни. Суффикс -ин в фамилии — стандартный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность («чей?»): Бейдин — «сын Бейды».

Есть и другие гипотезы, и они заметно разнятся по происхождению. Согласно одной из них, прозвище Бейда дали по месту жительства: так называется небольшая река, правый приток реки Ая в Кусинском районе Челябинской области. В этом случае родоначальник Бейдиных был выходцем из долины этой реки. Другая версия ведёт прозвище от арабского прилагательного «бейда» — «белая». Так могли прозвать светловолосого или бледнолицего человека. Кроме того, не исключена связь с тюркским мужским именем Бейду, которое означает «маленький раб Аллаха».

Из всех версий башкирская основа выглядит наиболее убедительной: она объясняет и корень, и модель образования, и типичный для тюркских имён суффикс. Гидронимическая и арабская гипотезы менее вероятны, но их нельзя отбрасывать полностью — фамилия могла возникнуть в разной среде независимо. В любом случае, Бейдин — фамилия с ясной патронимической структурой, указывающая на предка по имени или прозвищу Бейда.