Фамилия Бейдина хранит память о происхождении человека, и у неё есть несколько версий образования. Самая вероятная — от имени Бейда, варианта башкирского мужского имени Байды. Оно построено от тюркской основы «бай» («обильный, состоятельный») с помощью имяобразующей частицы –ды. Нарекая сына таким именем, родители желали ему счастливой и благополучной жизни.

Другая версия связывает фамилию с прозвищем от гидронима Бейда — небольшой реки, правого притока реки Ая в Кусинском районе Челябинской области. В этом случае родоначальник Бейдиных мог быть выходцем из селения в долине этой реки. Есть и гипотеза, что прозвище происходит от арабского прилагательного «бейда» — «белая»: так могли прозвать светловолосого или бледнолицего человека. Не исключена и связь с тюркским мужским именем Бейду, означающим «маленький раб Аллаха».

Фамилия образована по русской модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бейдин, то есть потомок человека по имени или прозвищу Бейда. Женская форма Бейдина — это грамматическое изменение, а не отдельная фамилия. Выбор между версиями остаётся открытым, но тюркская основа «бай» и географическая привязка к Уралу дают наиболее конкретные зацепки для семейной истории.