Фамилия Безнина — одна из тех, что образована от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит прилагательное «безвинный» в старой, усечённой форме «безинный» или «безнинный». В старину «безвинным» называли невиновного, безобидного, простодушного человека, который ни в чём не провинился и никому не причинил зла. Прозвище могли дать кроткому, тихому человеку, а иногда с оттенком иронии — тому, кто слишком уж старался показать свою невиновность.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин- указывает на принадлежность. Безнина — «дочь (или жена) Безнины». Мужская форма — Безнин — была бы отчеством от прозвища Безня (сокращённая форма от Безвинный). Однако в русской ономастике фамилии на -ин часто закреплялись в женском роде, если носительницей была вдова или если фамилия фиксировалась по женской линии. В современных записях Безнина встречается и у мужчин, и у женщин, но исторически это типичная «матронимическая» фамилия, что делает её редкой среди русских родовых имён.

В говорах северных и центральных губерний слово «безвинный» могло произноситься как «безинный» — с выпадением звука «в» и упрощением группы согласных. Отсюда же и фамилии Безин, Безина. Безнина — вариант с сохранением двойного «н», что указывает на более книжное или письменное происхождение. Иногда путают с фамилией Безнина от слова «бездна» (якобы «бездонный»), но это ошибка: корень «бездн-» дал бы форму Безднин или Безднов.

По сословной принадлежности Безнины могли быть крестьянами или мещанами. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях — как раз там, где диалектное «безинный» было в ходу. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для прозвищных фамилий из народной среды: они редко попадали в дворянские родословные книги.