Фамилия Биннатова — женская форма фамилии Биннатов, и её разбор стоит начать с корня, который сразу настораживает: для славянской ономастики сочетание «бинн» нетипично. В исконно русских фамилиях редко встречаются двойные согласные в корне, особенно на стыке с суффиксом. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, и её основа восходит к личному имени или прозвищу.

Самый вероятный источник — арабское имя Биннат (Биннат, Биннат), которое в тюркской среде (татары, башкиры, народы Кавказа) могло трансформироваться в Биннат. Имя это означает «здание, строение» или, в переносном смысле, «опора, основа». В мусульманской традиции такие имена давали с пожеланием, чтобы ребёнок стал надёжной опорой семьи. Фамилия Биннатов, соответственно, образована по русской модели: к основе Биннат добавили патронимический суффикс -ов, что буквально значит «сын Бинната». Женская форма Биннатова — «дочь или жена Биннатова».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным тюркским словом «бин» (тысяча) или «бина» (постройка), но в таком случае форма была бы Бинова или Бинов, без удвоенной «н». Удвоение — верный признак того, что в основе лежало имя с двумя «н» на конце.

Географически фамилия Биннатов/Биннатова встречается преимущественно в регионах с тюркским и мусульманским населением: в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе, а также среди татарской и башкирской диаспоры. Встречается она редко, что говорит о её локальном бытовании — вероятно, фамилия возникла в одном или нескольких селениях и не получила широкого распространения.

Сословно носители такой фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов Биннатовых в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано. Фамилия не имеет отношения к славянским прозвищам или ремёслам — её корни уходят в личное имя, которое давали по религиозной или пожелательной традиции.