Фамилия Благодаренко образована по типичной восточнославянской модели от прозвища или нецерковного имени Благодар. Суффикс -енко (характерный для Украины и юга России) указывает на родство: «Благодаренко» буквально означало «маленький Благодар» или «сын Благодара».

В основе лежит глагол «благодарить» и корень -дар-. Прозвище Благодар могло закрепиться за человеком, который был отзывчивым, вежливым и не оставался в долгу за оказанную услугу. В более широком смысле это имя-пожелание (дохристианское или бытовое) — «дарующий добро». Родители, называя так сына, желали ему вырасти добрым и хорошим человеком. Со временем прозвище вытеснило крестильное имя и перешло в фамилию.

Интересно, что, в отличие от фамилий на -ов/-ев (Благодаров), форма на -енко подчеркивает не принадлежность отцу, а прямое происхождение — «сын Благодара». Такие фамилии чаще встречались среди казачества и свободных крестьян южных земель, где патронимическая модель на -енко была основной.

Редкий корень «благодар» в фамилиях встречается нечасто, что делает Благодаренко характерным примером «говорящей» фамилии, напрямую описывающей положительное качество человека.