Фамилия Благодарин — редкий случай в русской ономастике, где в основе лежит не профессия, не географическое название и не крестильное имя, а отвлечённое понятие благодарности. Большинство фамилий на -ин образованы от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Матвеев → Матвеев, но Кузьма → Кузьмин). Здесь исходная форма — прозвище Благодара, то есть человек, которого так прозвали за привычку благодарить.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Благодарин, то есть сын или потомок Благодары. Само прозвище Благодара — это не усечение от полного имени, а прямое производное от глагола «благодарить». В народной среде такие прозвища давали метко и не всегда лестно: Благодарой могли назвать того, кто слишком часто и многословно рассыпался в благодарностях, или, наоборот, человека, который никогда не забывал отблагодарить за услугу.

Существует и вторая версия, менее бытовая, но лингвистически возможная. В древнерусских мирских именах встречается корень благ- со значением «добро, благо». Имя Благодар (или Благодара) могли дать ребёнку как пожелание: пусть будет тем, кто дарит добро. В этом случае фамилия Благодарин восходит не к прозвищу по поведению, а к охранительному имени-оберегу. Однако первая версия — через прозвище от глагола — надёжнее: конструкции с отглагольными прозвищами (Плаката, Молчата, Гулята) хорошо известны в русской антропонимии, и Благодара встаёт в этот ряд естественно.

Фамилия редкая и, скорее всего, локальная. В центральных областях России она почти не встречается; единичные носители фиксируются на юге и в Поволжье, что косвенно указывает на позднее закрепление фамилии, возможно, уже в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. По сословной принадлежности предки Благодариных, вероятнее всего, были государственными или помещичьими крестьянами: фамилии на -ин у крестьянства — одна из самых распространённых моделей.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на последний слог — Благодари́н, хотя исходное прозвище Благода́ра произносилось с ударением на втором слоге. Такое смещение типично для фамилий, образованных от имён на -а: ср. Косола́пов от Косола́п, но в фамилии ударение нередко сдвигается.