Фамилия Благодарина происходит от глагола «благодарить». В основе лежит прозвище Благодар — так могли назвать человека отзывчивого, вежливого, который за каждую услугу искренне благодарил и старался не остаться в долгу. В русской традиции прозвища, образованные от глагольных форм, встречаются реже, чем от имён или профессий, и часто несут яркую характеристику: Благодар — не просто «спасибо», а целый образ доброго и признательного человека.

Морфология фамилии указывает на её происхождение в кругу прозвищных и матронимических или патронимических образований. Суффикс -ин принадлежит к древнейшей модели русских фамилий, указывая на принадлежность: «чей?» — Благодарин, то есть сын или потомок Благодара. Со временем форма закрепилась в женском варианте Благодарина, который мог быть исходным, если прозвище получила женщина, или стал родовым через женскую линию.

С точки зрения социального контекста, такие фамилии чаще всего встречались в крестьянской и мещанской среде, где меткие прозвища легко переходили в наследственные. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имён или названий профессий, модель на -ин в этом случае подчёркивает личное качество, а не занятие.

Похожие по смыслу фамилии — Благодаров, Благодарный, Благодарёв — встречаются в центральных и южных областях России, но Благодарина остаётся более редкой. В ономастических словарях, например у Б. Унбегауна, модель «глагол в основе + -ин» разбирается как характерная для прозвищ, описывающих поведение. Спорных версий здесь нет: корень прозрачен, и альтернативные толкования (от географических названий или календарных имён) не имеют оснований.