Фамилия Благодатины — редкий случай в русской ономастике, когда фамилию не вывели из прозвища или профессии, а образовали искусственно, от отвлечённого понятия. В основе лежит слово «благодать» — милость, добро, изобилие. В церковнославянском языке это одно из ключевых понятий, означающее божественный дар. Поэтому первую версию происхождения связывают с семинарской средой: в духовных училищах будущим священникам нередко давали «говорящие» фамилии, образованные от возвышенных слов. Благодатин мог появиться именно так — как фамилия, призванная подчеркнуть духовное достоинство носителя или его наставника.

Вторая версия — мирская, хотя и менее вероятная. Прозвище Благодать могли дать человеку за мягкий нрав, отзывчивость или склонность прощать обиды. От него и пошла фамилия Благодатин, но здесь вступает в силу грамматическая особенность. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а/-я и указывает на принадлежность: «чей?» — Благодатин, то есть сын Благодати. Однако если бы прозвище было мужского рода (Благодат), фамилия звучала бы как Благодатов. Выбор формы на -ин косвенно подтверждает, что перед нами не бытовое прозвище, а книжное, искусственное образование, где слово «благодать» женского рода не смущало составителей.

Любопытно, что по той же модели возникли фамилии Милостин, Истинин, Надеждин — все они отвлечённые, не связанные с ремеслом или внешностью. В крестьянской среде такие именования почти не встречались: там фамилии образовывали от имён отцов или занятий. Благодатины, скорее всего, выходцы из духовного сословия или, реже, из купечества, где ценили «красивые» фамилии.

В современных справочниках фамилия встречается редко, в основном в центральных и южных областях России. Памятник русской культуры, как её иногда называют, она действительно представляет: в ней отразилось стремление дать человеку имя не по двору или ремеслу, а по высокому понятию.