Фамилия Благодатов образована по необычной словообразовательной модели. В её основе лежит слово «благодать» — женского рода, однако фамилия получила суффикс -ов, который по правилам русского языка обычно присоединяется к основам мужского рода. Такое явление встречается и в других фамилиях: например, от слова «роза» возникла фамилия Розов, а не Розин. Это говорит о том, что при образовании фамилий действовала не столько грамматика, сколько аналогия с самыми распространёнными патронимическими суффиксами.

Само слово «благодать» в церковнославянском языке означало «милость, дар, благосклонность». В народной среде его могли осмыслить как имя или прозвище, данное ребёнку, родившемуся в праздник, связанный с благодатью, или в знак благодарности за долгожданное появление на свет. В святцах нет имени Благодат, но в русской традиции существовали «говорящие» некалендарные имена, такие как Благодать, Надежда, Любовь — они могли стать основой для фамилии.

Фамилия Благодатов — относительно редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов, что указывает на её происхождение в среде духовенства или крестьянства. В семинарской среде фамилии нередко давали по торжественным церковным понятиям: Благодатов, Богоявленский, Рождественский. Однако суффикс -ов, а не -ский, говорит о более простом, «мирском» пути возникновения — скорее всего, фамилия закрепилась за крестьянином или мещанином, которого в быту звали Благодат или Благодать.

В ономастических трудах Б. Унбегауна и В. Никонова отмечается, что фамилии на -ов от абстрактных существительных — явление нечастое, но закономерное для русского Севера и Сибири, где прозвища могли быть более поэтичными. Встречаются однокоренные фамилии: Благодатский, Благодатин, Благодатный. Благодатов отличается от них именно суффиксом, который превращает женское понятие в «мужскую» фамилию по образцу отчества.

Таким образом, носитель фамилии Благодатов может считать, что его предок получил прозвище или имя Благодат — возможно, за добрый нрав, рождение в светлый праздник или как «благодатное» дитя. Фамилия сохранила в себе не только слово, но и примету народного словообразования, где смысл важнее формального рода.