Фамилия Благодатнов — один из тех случаев, когда прозвище или имя предка напрямую связано с высокими христианскими понятиями. Основа здесь — слово «благодать» (милость, дар Божий), а сама фамилия образована по стандартной для русских фамилий модели: от прилагательного «благодатный» через суффикс -ов. Получается буквально «сын Благодатного». Это типичная «семинарская» или «духовная» фамилия, каких много возникло в среде русского православного духовенства в XVIII–XIX веках.

В среде семинаристов и выпускников духовных академий было принято менять бытовые фамилии (вроде Попов, Пономарёв) на более благозвучные и «говорящие». Так появлялись Благонравовы, Благовещенские, Миловидовы и, конечно, Благодатновы. Фамилия могла быть дана ученику за кроткий нрав, успехи в учёбе или просто как пожелание — жить в благодати. Однако не стоит исключать и более ранний, мирской вариант: в народе «благодатным» могли прозвать доброго, щедрого или удачливого человека, которому «всё с неба падает».

Географически фамилия не привязана к одному региону, но чаще всего встречается в областях с сильным влиянием церковных школ: центральная Россия, Поволжье, север. Встречаются также варианты написания через «т» (Благодатнов) и реже через «д» (Благодаднов) — последнее, скорее всего, результат искажения при переписи.

Сравните с однокоренными фамилиями: Благодатов — от краткой формы «Благодат» (так могли назвать ребёнка в крестьянской среде как имя-оберег), и Благодатский — типичная семинарская фамилия на -ский, более официальная. Благодатнов же стоит посередине: суффикс -ов указывает на более простую, недворянскую среду, но основа выдаёт книжное, а не деревенское происхождение. Скорее всего, первый носитель фамилии был либо сыном священника, либо получил её уже в учебном заведении.