Фамилия Благоев — яркий пример того, как православное имя, пройдя через народную обработку, превратилось в фамилию. В её основе лежит каноническое крестильное имя Благий (от церковнославянского «благой» — добрый, хороший, милостивый). Это имя давали в честь святого Благия, епископа Севастийского, почитаемого в православии. Однако в русском языке слово «благой» имело и другое, разговорное значение — «сумасбродный», «чудаковатый», «бедовый». Поэтому не исключено, что прозвище Благой мог получить человек с крутым или взбалмошным нравом, и уже от этого прозвища пошла фамилия.

Суффикс -ев указывает на типичную восточнославянскую модель образования — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?». Благоев — значит «сын Благого» или «принадлежащий Благому». Такая модель была особенно распространена в Болгарии, Сербии и на юге России, что делает фамилию характерной для балканского и южнорусского ареала. В Болгарии фамилия Благоев особенно известна благодаря Димитру Благоеву — основателю Болгарской социалистической партии, но в русском контексте она встречается реже и чаще всего связана с переселенцами или потомками священнослужителей.

Интересна и альтернативная версия происхождения: от тюркского слова «благ» (счастье, благо) через посредничество кавказских языков. Однако эта гипотеза слабая — фонетически и исторически фамилия лучше вписывается в славянскую модель, тем более что в русских говорах существовало и имя Благой, и прозвище Благо. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с именем Благой, что подтверждает бытование основы до того, как она стала фамилией.

Социально фамилия Благоев не была привязана к какому-то одному сословию. Её могли носить и крестьяне, и духовенство (в среде которого ценились «говорящие» имена), и мещане. В современной России фамилия редкая, но не исчезающая — она сохраняется в основном на юге страны, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также среди потомков болгарских переселенцев. В написании встречается вариант Благо́ев (с ударением на второй слог) — это указывает на болгарское происхождение, где ударение смещено, в отличие от русского Бла́гоев.