Фамилия Благоева — женская форма фамилии Благоев, и её происхождение напрямую связано с болгарской и македонской ономастикой, хотя в русском контексте она встречается редко и чаще всего как результат миграции или смешанных браков. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Благоева имеет ярко выраженную южнославянскую основу и восходит к личному имени или прозвищу с корнем «благ-», что значит «добрый», «хороший», «благой».

Словообразовательная модель здесь проста: основа Благо- плюс типичный для болгарских фамилий суффикс -ев, который указывает на принадлежность к роду (буквально «сын Благого»). В русской традиции такой суффикс тоже встречается, но чаще в форме -ов, тогда как -ев характерен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й. Однако в данном случае именно болгарский вариант написания и произношения выдает происхождение: в Болгарии фамилия Благоев (и Благоева для женщин) широко распространена и исторически связана с деятелями национального возрождения, например, с Димитром Благоевым — основателем Болгарской социал-демократической партии.

Если же рассматривать фамилию в русском контексте, то стоит отметить, что она могла возникнуть и искусственно, через семинарскую традицию: в духовных училищах нередко давали «говорящие» фамилии от абстрактных понятий вроде «благо», «благодать», «благой». Но это скорее исключение, так как в русских списках фамилии на -ев от прилагательных (Благой → Благоев) встречаются реже, чем, скажем, Благов или Благинин. Географически Благоева в России чаще всего фиксируется в южных регионах, а также в среде потомков болгарских переселенцев, которые обосновались в Бессарабии и на Кубани в XIX веке.

Таким образом, носительница фамилии Благоева с высокой вероятностью имеет болгарские или македонские корни, а её предки могли быть людьми, которых в народе прозвали «благими» — то есть добрыми, щедрыми или даже блаженными, что в славянской традиции нередко означало не только душевное качество, но и некоторую простоту или юродство. В редких случаях, если фамилия русская по происхождению, она могла быть дана в духовной среде и означать «благой», «благодатный» — как пожелание или характеристика.