Фамилия Благонадеждин — редкий случай в русской ономастике: она образована не от имени, прозвища или профессии, а от отвлечённого понятия, причём книжного, почти официального. В основе лежит слово «благонадёжный» — то есть заслуживающий доверия, верный, не вызывающий подозрений. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Благонадеждин буквально значит «сын благонадёжного» или «человек из семьи Благонадеждина».

Такие фамилии — семинарские. В XVIII–XIX веках, когда будущим священникам и дьякам давали фамилии при поступлении в духовные училища, наставники нередко выбирали «говорящие» основы: Благонравов, Добросердов, Милосердов. Благонадеждин — та же модель: искусственная, призванная подчеркнуть добродетель или лояльность. Исходное слово «благонадёжный» в ту эпоху имело сильный политический оттенок — так характеризовали человека, не склонного к вольнодумству и бунту. Поэтому фамилия могла появиться в семинарии, где от будущих пастырей требовали именно этих качеств.

Встречаются и единичные случаи, когда фамилия возникла не в духовной среде, а как прозвище, данное крестьянину или мещанину за надёжность. Но это маловероятно: в народной среде прозвища обычно короче и конкретнее, а трёхсложное «благонадёжный» — слово из канцелярского или церковного обихода. Поэтому основная версия — семинарское происхождение, и она подтверждается тем, что фамилия почти не встречается в старых переписях крестьян, зато фиксируется в клировых ведомостях.

Географически Благонадеждины рассеяны, но заметная часть — из центральных губерний России, где было много духовных училищ. В советское время фамилия не исчезла, хотя её идеологическая окраска стала анахронизмом. Сегодня это одна из тех редких русских фамилий, которые несут в себе не родовую историю ремесла или места, а отпечаток образовательной системы и государственной идеологии прошлого.