Фамилия Благонадежин — редкий случай в русской ономастике, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешний признак, а отвлечённое моральное качество. Она образована от слова «благонадёжный» — то есть заслуживающий доверия, верный, надёжный. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Благонадежин буквально означает «сын Благонадежного» или «из семьи Благонадежных». Модель образования здесь та же, что и у фамилий Добронравин, Благонравин, Милодушин, — все они возникли в среде, где ценили не столько происхождение, сколько внутренние качества человека.

Скорее всего, фамилия давалась не крестьянам и не купцам, а людям духовного сословия. В семинарской среде XVIII–XIX веков было принято «переводить» фамилии на церковнославянский лад или заменять их на более благозвучные, с положительной окраской. Сын дьячка по фамилии Надёжин мог стать Благонадежиным — так наставники подчёркивали его примерное поведение. В документах духовных консисторий такие фамилии встречаются именно в списках учащихся семинарий и академий.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия могла возникнуть как прозвище помещичьего крестьянина или дворового человека, которого барин считал «благонадёжным» и доверял ему ключи или оброк. Но в этом случае прозвище вряд ли перешло бы в фамилию официально — крестьяне чаще получали фамилии по имени отца или по местности. Поэтому семинарское происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к центральным губерниям России — Владимирской, Ярославской, Костромской, где были сильны духовные училища. Встречается и в записях XIX века по Тверской губернии. В советское время носители фамилии расселились шире, но численно она остаётся малораспространённой. По данным современных телефонных справочников, Благонадежиных в России меньше сотни — это фамилия, которую легко не заметить, но трудно забыть из-за её прямолинейного смысла.