Фамилия Бобынин — яркий пример того, как в русской ономастике закрепилось прозвище, связанное с социальным статусом или образом жизни. В её основе лежит слово «бобыль». Так на Руси называли одинокого, безземельного крестьянина, который не нёс государственного тягла (налоговой повинности) и часто батрачил на других. Бобыль стоял на низшей ступени крестьянской иерархии, ниже полноценного хозяина-земледельца. Прозвище Бобыль, а затем и фамилия Бобынин, могло закрепиться за человеком, который вёл такой же одинокий и бедный образ жизни.

Модель образования фамилии проста и типична для центральной России: к основе «Бобын-» (усечённая или обласкательная форма от «Бобыль») добавился суффикс принадлежности «-ин». Суффикс «-ин» указывает на то, что речь идёт о потомке или человеке из семьи Бобыни. То есть Бобынин буквально означает «сын Бобыни» или «человек из рода Бобыниных». Аналогичным образом образованы фамилии Пушкин (от Пушка), Репин (от Репа) или Ильин (от Илья). В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, «-ин» прикреплялся к основам на «-а» или «-я».

Фамилия Бобынин встречается в документах с XVI–XVII веков, что говорит о её древности. В писцовых книгах и переписях того времени нередко фиксировали «бобылей» как отдельную категорию населения, поэтому прозвище было распространённым. Стоит отличать фамилию Бобынин от похожей, но более редкой фамилии Бобылёв: вторая образована напрямую от полной формы прозвища «Бобыль», а первая — от более краткой, обиходной формы «Бобыня». Такая форма могла возникнуть в диалектах, где любили усекать и смягчать окончания прозвищ.