Фамилия Бобынина — женская форма, а мужская, Бобынин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени и суффикса -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бобынин — это сын Бобыни, то есть «чей?» — Бобынин. Такие фамилии типичны для северных и центральных регионов России, где этот суффикс вытеснил -ов/-ев в личных прозваниях.

Основа фамилии — слово «бобыль». В Древней Руси бобылями называли крестьян, у которых не было своей земли и хозяйства. Они жили и работали на чужих наделах, часто нанимались в батраки или платили оброк деньгами. К XVI–XVII векам бобыли составляли заметную прослойку сельского населения — их выделяли в переписях отдельно от пашенных крестьян. Прозвище Бобыль или Бобыня давали человеку одинокому, бедному, не имеющему корней и оседлости. Такое прозвище легко закреплялось за родом: «вот тот Бобыль» — и его дети уже шли как Бобынины.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «бобыня» — так в некоторых говорах называли надутого, важного человека. Если это так, то прозвище было ироничным — давали его тому, кто «корчит из себя барина», хотя по положению был простым мужиком. Но первая версия, от «бобыль», встречается в источниках гораздо чаще и подтверждается тем, что в писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия Бобынин фиксируется именно в тех уездах, где был высок процент бобыльского населения — например, в Новгородской и Тверской землях.

Фамилия недвусмысленно указывает на низкое социальное происхождение предка. В сословном обществе такие «говорящие» фамилии нередко давали прямое указание на статус: Крестьянинов, Холопов, Бобынин. Позже, когда крестьяне получили фамилии официально (после отмены крепостного права), эта фамилия уже была у многих родов, и менять её никто не стал. Так бывшая характеристика социального положения превратилась в родовое имя, которое уже ничего не говорит о достатке носителя.