Фамилия Бобынины образована от прозвища или нецерковного имени Бобыня. В основе лежит слово «бобыль» — так в старину называли одинокого крестьянина без надела земли, батрака или человека, не имеющего своего хозяйства. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бобынин буквально означает «сын Бобыни» или «потомок Бобыни».

Исходное слово «бобыль» имело в народе два оттенка. С одной стороны — бедняк, безземельный, часто вынужденный наниматься в работники. С другой — свободный человек, не приписанный к общине, вольный идти куда хочет. Поэтому прозвище Бобыня могли дать как бедному крестьянину, так и независимому одиночке, жившему своим умом.

В говорах слово «бобыня» порой означало «упрямец» или «нелюдим», что добавляет ещё один возможный источник фамилии. Человек замкнутый, держащийся особняком, тоже мог получить такое прозвище. По той же модели — от прозвищ на -ыня — образованы фамилии Брызгин, Жилин, Ковылин.

Фамилия Бобыниных встречается в документах с XVI–XVII веков, преимущественно в центральных и северных уездах России. В переписных книгах можно найти Бобыниных среди крестьян и посадских людей. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена — вероятно, предки носителей были из податных сословий.

Важно помнить: фамилия Бобынин — не единственная от этого корня. Рядом бытуют Бобылёв, Бобыльков, Бобыльский. Но форма с суффиксом -ин встречается реже и сохраняет более древнюю, личную основу — не «чей-то бобыль», а «сын конкретного Бобыни». Эта деталь говорит о том, что фамилия закрепилась в одной семье раньше, чем в других ветвях рода.