Фамилия Бодаркин — редкий случай, когда прозвище предка, скорее всего, не связано с ремеслом или внешностью, а происходит от диалектного глагола «бодаркать». В говорах центральной России и Поволжья это слово означало «бормотать», «говорить невнятно», «ворчать». Согласитесь, это точнее, чем выводить фамилию от «бодаться» или «бодрый» — рогатый скот есть у многих, а вот ворчливый, бормочущий себе под нос человек — куда более конкретный образ для прозвища.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа «Бодарк(а)» (прозвище Бодарка) плюс типичный русский притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей? — Бодаркин», то есть «сын Бодарки». Суффикс -к- в прозвище (Бодарка, а не Бодарь) часто придавал оттенок уменьшительности или пренебрежения, что хорошо сочетается с ворчливым характером. Встречаются и однокоренные фамилии — Бодарев, Бодарёв, но Бодаркин стоит особняком из-за этого суффикса.

Географически фамилия тяготеет к югу России и украинскому пограничью, что подтверждается данными переписей: наибольшая концентрация носителей зафиксирована в Воронежской, Ростовской областях и Краснодарском крае. В этих местах слово «бодаркать» было в ходу, и прозвище могло закрепиться за человеком с негромким, но въедливым голосом. В официальных документах XIX века такая фамилия встречается у крестьян и мещан — сословных перегородок для неё не было.

Стоит отбросить популярную, но слабую версию о связи с украинским «бодати» (бодать) — для этого в фамилии был бы суффикс -енко или -юк, а не -ин. Также маловероятна связь с тюркским «бодар» (бедро) — слишком сложная цепочка заимствований для простого прозвища. Наиболее убедительная гипотеза остаётся в рамках чисто русской диалектной лексики: Бодарка — ворчун, бормотун, человек, который «бодаркает» себе под нос.