Фамилия Богомаров — одна из тех, что кажутся прозрачными, но при ближайшем рассмотрении таят неожиданность. На слух она напоминает «богомаз» — так в старину называли иконописцев, мастеров, писавших образа. Логично предположить, что предок носителя фамилии был именно таким художником. Однако в русских говорах слово «богомаз» имело и второе, ироничное значение — так порой называли неумелого, небрежного маляра или вообще любого маляра-ремесленника. Прозвище Богомар могло закрепиться и за тем, кто красил церковную утварь, и за тем, кто просто работал с красками, но получил насмешливое прозвище. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Богомара» или «из семьи Богомаров».

Есть и более редкая версия, которую поддерживают некоторые ономасты, — связь с глаголом «богомолить» или «богоморить», то есть усердно молиться, изнурять себя постом. В этом случае прозвище Богомар мог получить человек набожный, аскетичный, возможно, странник или монах. Но эта гипотеза слабее: слово «богомол» в значении «богомолец» куда распространённее, и фамилия Богомолов встречается в десятки раз чаще. Богомаров же явно выбивается из этого ряда по звучанию.

Фамилия довольно редкая. Она отсутствует в списках массовых русских фамилий, составленных по переписям XIX–XX веков. Встречается в основном в центральных и южных регионах России, изредка — на Урале. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается как самостоятельная статья, но её можно отнести к группе прозвищных образований от названий ремёсел. Скорее всего, предки Богомаровых были выходцами из среды посадских людей или крестьян, занимавшихся иконописным или малярным промыслом.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Богомолов, Богомазов — показывает, что Богомаров стоит особняком. Если Богомолов почти всегда отсылает к богомолью, а Богомазов — к иконописи, то Богомаров мог впитать оба значения, но с оттенком прозвищной, неофициальной формы. Возможно, в основе лежало не столько ремесло, сколько характер: «богомар» — человек, который «марает» святое, то есть ведёт себя непочтительно. Такое прозвище могли дать озорнику или скептику, но это уже область догадок.