Фамилия Боккоева — женская форма фамилии Боккоев, а та образована от мужского личного имени или прозвища Бокко. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой «Бокко». Скорее всего, это не славянское, а тюркское или кавказское имя. В осетинском, балкарском или карачаевском языках «бокъ» или «бокк» могло означать «бык», «вол» или «сильный, могучий человек». В таком случае прозвище Бокко давали физически крепкому, выносливому мужчине, возможно, пастуху или скотоводу.

Другая версия отсылает к арабскому имени Баки (в русской передаче — Бакий), что значит «вечный», «бессмертный». В тюркской среде это имя могло адаптироваться в Бокко, а затем обрасти фамильным суффиксом. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия распространена на Северном Кавказе, где исламские имена смешивались с местными наречиями.

Суффикс -ев в фамилии Боккоев (и его женская форма на -а) типичен для русской модели образования фамилий от иноязычных основ. Он указывает на принадлежность: «Боккоев» — сын Бокко. Встречается фамилия и в осетинской среде, где часто оформляется через -ты/-ти, но в русском документообороте закрепился именно вариант с -ев.

Географически фамилия Боккоева привязана к Северной Осетии, Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном характере. Предки носителей фамилии, скорее всего, были горцами-скотоводами или воинами, чьё прозвище со временем стало родовым именем.