Фамилия Боковина — один из тех случаев, когда основа слова настолько прозрачна, что сразу подсказывает версию происхождения. В её основе лежит слово «бок» или производное от него «боковина». В старом русском языке «боковина» — это не просто боковая сторона, а конкретная бытовая деталь: боковая стенка сундука, бочки, телеги или, например, полотнище паруса. Человек, получивший такое прозвище, мог быть бондарем (бочаром), плотником или извозчиком — тем, кто постоянно имел дело с «боковинами».

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Боковина — буквально «сын или потомок Боковины», причём прозвище Боковина могло быть дано и напрямую, без дополнительных суффиксов, что характерно для северных и сибирских говоров, где прозвища на -а нередко закреплялись как фамилии без изменений.

Есть и более простая, бытовая версия: «боковина» — прозвище человека, который ходил боком, имел необычную походку или кривизну. В ономастике такие прозвища по физическим особенностям встречаются постоянно, и фамилия Боковина могла возникнуть независимо в разных регионах — от Вологды до Сибири, где слово «боковина» известно в значении «боковая часть чего-либо».

Стоит заметить, что фамилия Боковина — женская форма, а мужской вариант — Боковин. Встречается она редко, преимущественно в центральных и северных областях России. По сравнению с массовой фамилией Боков (от «бок»), Боковина сохраняет более древнюю, конкретную связь с ремеслом или предметом, а не с абстрактным признаком.