Фамилия Боковин — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, закрепилось за его потомками в форме, почти не изменившейся за столетия. В основе фамилии лежит слово «бок», но не в анатомическом смысле, а в значении «сторона, склон, край». Прозвище Боковой, а затем и Боковин, могли дать человеку, жившему на краю поселения, на боку оврага или у склона холма. В говорах «боковина» также означала боковую стену, пристройку или часть чего-либо — отсюда и возможное прозвище плотника или строителя, работавшего с такими деталями.

Модель образования фамилии двойная. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Боковин буквально значит «сын Бокова» или «человек из рода Боковых». Сама же фамилия Боков образована от прозвища Бокой (или Боковой) с помощью типичного русского суффикса -ов. Таким образом, Боковин — это вторая ступень патронимии: сначала появился род Боковых, а от них пошли Боковины. Это редкий случай, когда фамилия сохранила промежуточную форму, не сократившись до простого Боков.

Встречается Боковин преимущественно в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Там, где рельеф холмистый или овражистый, прозвище «боковой» было бы особенно уместно. В некоторых диалектах «боковина» означала также боковой ветер или косой дождь — метафорическое прозвище могли дать человеку с непостоянным, «косым» характером, но эта версия менее надёжна, чем топографическая.

Сословно фамилия не элитарна: Боковины в большинстве своём — крестьяне и мещане, изредка купцы. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Боковины в Тотемском уезде, что подтверждает северное происхождение. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне, Боковин — типичная «земская» фамилия, образованная без искусственных книжных суффиксов.

Однокоренные фамилии — Боков, Боковский, Боковой — более распространены, но Боковин стоит особняком благодаря своему суффиксу. Если Боков мог быть образован прямо от прозвища, то Боковин выдаёт более позднюю, уже патронимическую форму, что делает её ценной для историков русского словообразования.