Фамилия Боковая — женская форма, а её мужской вариант — Боков. В русской традиции такие фамилии образованы по модели «чей?»: Боков — сын Бока, то есть человека, носившего прозвище Бок. Суффикс -ов указывает на принадлежность, и здесь нет ничего редкого. Интереснее основа.

Прозвище Бок могло возникнуть как минимум двумя путями. Первый — по физической особенности: человек с заметным боком, тучный или, наоборот, худой до того, что «рёбра торчат». Второй — по характеру или поведению: «боком выйти» или «боком глядеть» — так говорили о недоверчивом, косом или уклончивом человеке. В говорах «бок» означало также «сторона», «край», и прозвище могли дать тому, кто жил на отшибе, на краю деревни. Это не ремесленная и не служилая фамилия, а скорее бытовая, деревенская.

Географически фамилия Боков (и Боковая) распространена по всей центральной России, но особенно часто встречается в бывших владимирских, ярославских и костромских землях — там, где прозвища на -ок и -ко вообще были типичны. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем, но в боярские списки Боковы не попали — фамилия осталась простонародной.

Однокоренные фамилии — Боковин, Боковников, Бочагов (от «бок» через диалектное «бочаг» — яма, впадина). Но Боковая стоит особняком: окончание -ая выдаёт в ней именно женскую форму, а не исходную фамилию на -ой (как у дворянских Толстой, Благой). В современных документах женщина с фамилией Боковая — это потомок того самого Бока, прозванного за полноту, характер или место жительства.