Фамилия Боклагин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет прозрачной основы вроде профессии или христианского имени, поэтому её разбор требует обращения к диалектной лексике и географии.

Словообразовательная модель типична для русского севера и востока: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Боклага. Что это могло быть? Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «боклаг» (или «буклак»). В говорах Архангельской, Вологодской и Пермской губерний так называли небольшой деревянный сосуд, бочонок для воды или кваса, а также — полного, неуклюжего человека. Прозвище Боклага могли дать либо бондарю, делавшему такие бочонки, либо человеку плотного телосложения.

Менее убедительна гипотеза о тюркских корнях (от «бугла» — бык), так как суффикс -ин и окончание -гин не характерны для тюркских фамилий, а вот севернорусская модель «прозвище на -а + -ин» — абсолютно стандартна. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются фамилии Боклаков, Бокланов — они явно из того же гнезда.

В современных справочниках фамилия Боклагин почти не упоминается, что говорит о её крайней редкости. Скорее всего, она локально бытовала в одной из северных или вятских областей, а потом разошлась с переселенцами. Носитель такой фамилии почти наверняка ведёт род от крестьянина или ремесленника, которого окрестили по его занятию или внешности.