Болдохонов — фамилия, в которой сразу слышна география. Её основа, суффикс и звучание указывают на бурятское или монгольское происхождение. В русском языке фамилии с таким финальным элементом (-ов) часто оформлялись по русифицированной модели, но корень здесь не славянский.

Скорее всего, в основе лежит мужское имя Болдохон. Оно, в свою очередь, восходит к монгольскому или бурятскому слову «болд» — «сталь», «крепкий». Уменьшительно-ласкательный суффикс -хон (или -хан) в тюрко-монгольских языках придаёт имени оттенок близости, уважения или ласки: Болдохон — «стальной», «крепенький», «дорогой как сталь». Такие имена давали с пожеланием твёрдости характера, здоровья, несгибаемости. В бурятской ономастике это типичная модель: Батохон, Доржохон, Цыренхон.

Фамилия Болдохонов, таким образом, означает «сын Болдохона» или «потомок Болдохона». Она образована прибавлением русского патронимического суффикса -ов к бурятскому имени. Это характерно для многих фамилий народов Сибири и Дальнего Востока, которые вошли в российскую административную систему: местное имя брали за основу и оформляли по образцу русских отчеств.

Носители фамилии — почти наверняка потомки бурятских родов. Встречается она преимущественно в Республике Бурятия, Забайкальском крае, Иркутской области, а также среди бурятской диаспоры в других регионах России. Поскольку фамилия отчественная, а не прозвищная, предок человека с такой фамилией, скорее всего, был простым скотоводом, охотником или воином, носившим личное имя Болдохон.

Других версий происхождения (например, от тюркского «болдух» или русского диалектного слова) нет — они не выдерживают проверки ни по географии, ни по словообразованию. Фамилия редкая, но её этимология прозрачна, если знать язык и регион.