Фамилия Болдохонова — женская форма фамилии Болдохонов, и её разговор с корнем стоит начать с географии. Фамилия явно тяготеет к восточным регионам России: её носители встречаются в Бурятии, Забайкалье, Иркутской области. Основа здесь не славянская, а бурятско-монгольская, что сразу отличает фамилию от привычных русских патронимов на -ов.

Разбираем основу «Болдохон». Скорее всего, она восходит к бурятскому имени или прозвищу Болдохон, которое образовано от корня «болд» — «сталь», «крепкий», «твёрдый» (в монгольских языках). Суффикс «-хон» — уменьшительно-ласкательный, характерный для бурятских имён (сравните: Батохон, Доржохон). Таким образом, Болдохон могло означать «крепенький», «стальной» — прозвище для сильного, упорного человека, которое потом закрепилось как личное имя. В русской традиции такое имя превратилось в фамилию через притяжательный суффикс -ов: «чей?» — Болдохонов, то есть «сын Болдохона».

Модель образования здесь необычна для центральной России: это не отчество от крестильного имени (Иван → Иванов), а адаптация бурятского антропонима. Фамилия могла появиться в XVII–XIX веках, когда буряты входили в состав Российской империи и получали фамилии по имени отца, часто записываемые русскими чиновниками. Если бы основа была славянской, мы бы искали корень в слове «болд» (диалектное «болдый» — толстый, пухлый, или «болда» — шишка, нарост), но бурятская версия надёжнее — она объясняет и географию, и типичную для региона модель.

Встречаются и однокоренные фамилии — Болдохонов, Болдохон, Болдохонова — но они редки. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не фигурирует, что подтверждает её региональный, неславянский характер. Для носителя фамилии Болдохонова ключевая подсказка — связь с бурятской культурой: предки, вероятно, были бурятами-скотоводами или охотниками, а имя Болдохон давалось как пожелание силы и стойкости.