Фамилия Болковенко — один из тех случаев, когда необычное окончание сразу выдаёт в ней украинское происхождение. Суффикс -енко, типичный для восточных и центральных областей Украины, традиционно означал «сын» или «потомок»: Болковенко — буквально «маленький Болковой» или «сын Болкового». В XVII–XVIII веках такие фамилии закреплялись в казачьей среде, но встречались и среди крестьян, и среди мещан.

Основа фамилии — Болк. С ней сложнее. В украинской ономастике слово «болк» не имеет прямого значения, поэтому скорее всего перед нами прозвище, образованное от диалектного или заимствованного корня. Самая правдоподобная версия: от южнорусского или украинского «болкать» — говорить невнятно, бормотать, или от «болк» в значении «волк» (в некоторых говорах, особенно под влиянием польского или белорусского, «в» могло переходить в «б»). Тогда Болк — человек, чем-то напоминавший волка: либо внешностью, либо характером, либо ремеслом (скажем, охотник на волков). Менее вероятна, но допустима связь с личным именем Болеслав в сокращённой форме Болк — в юго-западных землях такое сокращение встречалось.

Интересная деталь: фамилия Болковенко редкая, её носители в основном сосредоточены в центральной Украине — в Черкасской, Киевской, Полтавской областях. Это указывает на то, что прозвище Болк, лёгшее в основу, было локальным, не распространившимся широко. В России фамилия почти не встречается, что подтверждает её украинское происхождение и позднюю фиксацию (не ранее конца XVII века, когда модель на -енко стала массовой).

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Болков, Болковский, Болкунов — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Болковенко стоит особняком именно благодаря уменьшительно-патронимическому суффиксу -енко, который делал фамилию «семейной»: не просто Болков (чей-то), а именно потомок Болка. Это типичная казачья модель, когда фамилия закреплялась за целым родом, а не за отдельным человеком.