Фамилия Болоченкова — это отчество второго порядка, то есть она указывает на принадлежность по женской линии: Болоченкова — дочь Болоченко, внучка человека по прозвищу Болото. Такая модель образования характерна для украинской и южнорусской традиции, где суффикс -енко означал «сын» или «потомок», а затем, с добавлением -ов, фамилия адаптировалась в русской среде.

В основе фамилии лежит прозвище Болото. Чередование т/ч (Болото → Болоченко) — естественный результат исторических фонетических процессов в языке, когда заднеязычные и зубные согласные смягчались перед гласными переднего ряда. Скорее всего, Болотом называли человека, жившего в болотистой местности или в низине, где долго не просыхала грязь. Такие прозвища давали по характерному признаку места жительства, и они были распространены в лесных и заболоченных регионах.

Менее правдоподобна версия о языческом имени Болото, которое связывали со словом «болотник» — так в старину называли водяного. Согласно этой гипотезе, родители могли нарекать ребёнка таким именем в надежде, что он вырастет красивым и здоровым, как лесной или водный дух. Однако прозвищная версия выглядит убедительнее: имена по природным объектам чаще возникали как бытовые характеристики, а не как охранительные имена.

Со временем род Болоченковых переехал в Россию, где фамилия прошла русификацию: к украинскому патрониму Болоченко добавили суффикс -ов, характерный для русских фамилий. В результате окончание -ов закрепилось в женской форме Болоченкова. Сейчас фамилия встречается редко, в основном в центральных и южных областях России, что подтверждает её миграционное происхождение.