Фамилия Болотенков — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, со временем превратилось в фамилию, сохранив при этом ироничный или описательный оттенок. В основе лежит слово «болото». Казалось бы, всё просто: предок жил на болоте или рядом с ним. Но суффикс «-енк-» в этой фамилии заслуживает отдельного внимания. В русских фамилиях суффикс «-енк-» (в варианте «-енков») чаще всего указывает на украинское или белорусское происхождение. В тех регионах «болотенко» — это уменьшительная форма от «болото», то есть небольшое, незначительное болотце. Соответственно, Болотенко — типичное прозвище, которое в Великороссии, при попадании в среду с фамилиями на «-ов», приобрело окончание «-ов» и стало Болотенковым. Таким образом, носитель фамилии — потомок человека, которого в малороссийских или белорусских землях прозвали «живущим у болотца» или «человеком с болота».

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от личного имени Болотник. В старину «болотником» называли не только жителя болотистой местности, но и человека, занимавшегося добычей болотной руды (лимонита) — это был один из видов кустарного железоделательного промысла. Однако в этом случае фамилия скорее имела бы форму Болотников, а не Болотенков. Суффикс «-ник» даёт другую словообразовательную модель. Поэтому версия с прозвищем от уменьшительного «болотенко» выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России, а также к востоку Украины и Беларуси. Встречается она нечасто, что говорит о локальном характере прозвища. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания казаков и крестьян с фамилией Болотенко в Черниговской и Полтавской губерниях. Переселенцы в центральные и южные районы России уже принесли с собой форму на «-ов». Сословно, скорее всего, это были крестьяне или однодворцы — никаких намёков на дворянство в этой фамилии нет.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к известному историческому деятелю Ивану Болотникову (предводителю восстания). Несмотря на общий корень, это разные словообразовательные гнёзда. Болотенков — это не «сын Болотника», а «сын Болотенка», что подчёркивает скорее бытовую, локальную характеристику места жительства, а не историческую роль.