Фамилия Болотканова — женская форма, мужской вариант — Болотканов. В её основе лежит прозвище или имя Болоткан, которое, в свою очередь, образовано от слова «болото». Однако прямой связи с заболоченной местностью может и не быть: в русских говорах «болотка» нередко означало «болотная птица», например, кулика или цаплю. Человек, получивший такое прозвище, мог быть худым, долговязым или иметь длинные ноги — по аналогии с птицей, которая бродит по болоту.

Модель образования фамилии — суффикс -ан- (как в прозвищах Кривокан, Шепелян) плюс патронимический суффикс -ов. То есть Болоткан — это сначала уличное прозвище, а затем уже фамилия сына или внука: «чей? — Болотканов». Суффикс -ан в русских фамилиях часто придавал прозвищу оттенок характерности или даже насмешки: не просто «болотный», а «болотка» — что-то свойственное болоту или живущее там.

Встречается фамилия преимущественно в южнорусских регионах — в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях, где много болотистых низин и пойменных лугов. Там же, кстати, фиксируется и прозвищное имя Болотка, от которого мог образоваться и вариант Болоткин. Но Болотканов — более редкая форма, что говорит о локальном бытовании: скорее всего, фамилия закрепилась в одном-двух сёлах или среди переселенцев.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «болот» — сталь, булат. В таком случае Болоткан могло быть именем у татар или башкир, а фамилия — русифицированной формой. Но для этого нужны документальные подтверждения в виде метрических записей в мусульманских или смешанных общинах, а их пока нет в открытых источниках. Поэтому филологи склоняются к славянской, «болотной» основе.

В написании фамилии обращает на себя внимание суффикс -ан-, а не -ян-, что характерно для северных и центральных говоров, где «аканье» не было таким сильным. Если бы фамилия возникла в Москве или Владимире, она могла бы звучать как Болотканов с тем же -ан-, но в южных говорах ударная «а» в суффиксе — обычное дело. Так что по одной только фонетике фамилию можно локализовать достаточно точно.