Фамилия Боложенков — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типичный русский патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Боложенка). Останется основа Боложенк-, которая явно восходит к слову «боложенко».

Самая вероятная версия связывает фамилию с глаголом «блажить» или «бложить» в старых говорах. В разных регионах России «блажным» называли человека своенравного, капризного, склонного к чудачествам, а «блажь» — это дурь, прихоть. Форма «боложенко» могла быть диалектным вариантом слова «блаженный» — но в народном, а не церковном смысле: не святой, а странный, малость «с приветом», либо, наоборот, добродушный простак. Суффикс -енк- характерен для украинской и южнорусской антропонимии (сравните: Боженко, Петренко), так что предок носителя фамилии мог быть выходцем с Украины или из южных областей России, где такие прозвища были в ходу.

Менее распространённая, но логичная гипотеза — связь с диалектным словом «боложка» (ложка). В этом случае прозвище Боложенко мог получить либо мастер по изготовлению ложек, либо человек, который ел не спеша, «ложечник». Однако такая версия менее убедительна, так как суффикс -енк- в прозвищах от названий предметов встречается реже, чем в именных или качественных.

Географически фамилия Боложенков встречается крайне неравномерно: её можно найти в старых переписях Курской, Воронежской областей, а также в казачьих списках Дона. Это подтверждает связь с южнорусским говором и украинским влиянием. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и однодворцами — сословием, которое занимало промежуточное положение между крестьянами и мелкими помещиками и часто сохраняло архаичные прозвищные фамилии.

Таким образом, Боложенков — это «сын Боложенка», то есть потомок человека, которого за характер прозвали чудаковатым, блаженным или, в редком случае, ложечником. Фамилия не имеет отношения к знатным родам и не связана с календарными именами — это чисто бытовое, народное именование, в котором слышен отголосок живой диалектной речи.