Фамилия Большакаков — редкий пример того, как один и тот же корень «больш-» обрастает сразу двумя суффиксами, прежде чем получить типичное русское окончание -ов. В ней соединились сразу два уменьшительно-ласкательных или прозвищных форманта: -ак и -ак. Получается, что в основе лежит не просто «большой», а «большак» (старший, главный, рослый человек), а затем от этого слова образовали ещё одну производную форму — «большачок» (или «большака»). Суффикс -ак в русских фамилиях часто указывает на человека по характерному признаку (Рыжак, Глушак, Добряк), а двойное нанизывание суффиксов — признак народной, диалектной модели словообразования.

Главная версия происхождения: прозвище Большакак (или Большачок) давали младшему в семье сыну, которого в шутку называли «большим», либо, наоборот, старшему, но с оттенком ласкательности. В северных и сибирских говорах «большак» — это не только старший брат или глава семьи, но и хозяин, старший работник. Если же принять, что исходная форма — «Большака», то это мог быть человек, которого постоянно называли по отцу: «большаков сын», то есть сын Большака. Фамилия Большаков встречается повсеместно, а Большакаков — её более редкая, «удвоенная» ветвь, закрепившаяся, скорее всего, в одной локальной группе.

Версия о связи с географическим названием (например, деревня Большаково) для этой формы маловероятна: жителей таких сёл обычно называли Большаковыми, а не Большакаковыми. Двойной суффикс говорит о том, что прозвище бытовало в устной речи и закрепилось именно в том виде, в каком его произносили соседи — с характерной для русских диалектов склонностью к повтору уменьшительных суффиксов для усиления экспрессии.

Социально фамилия типична для крестьянской среды: прозвища по старшинству, росту или положению в семье были обычным делом в среде, где не было фамильных традиций до XIX века. Носители фамилии Большакаков, скорее всего, происходят из одного рода, где прозвище Большакак передалось как родовое имя, а потом было оформлено по стандартной модели отчества на -ов.