Фамилия Больжатов — редкая и неочевидная, её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя Больжак, которое могло быть образовано от прилагательного «большой» с диалектным изменением «ш» на «ж». В северных и сибирских говорах «больжаком» нередко называли старшего в семье, главу рода, большого и сильного человека. Суффикс -ат- в фамилии указывает на принадлежность: Больжатов — «сын Больжака», «из рода Больжаковых».

Модель образования с суффиксом -ат- встречается реже, чем стандартные -ов/-ев. Она характерна для фамилий, возникших в среде крестьянства и посадских людей на Русском Севере и в Поволжье, где прозвищные формы на -ак/-як давали производные на -атов. Сравните: Ширяк — Ширятов, Гуляк — Гулятов. Больжатов, таким образом, стоит в одном ряду с этими фамилиями, а не с теми, что образованы от церковных имён.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «болжа» — «предсказание», «срок». Но для неё нет надёжных подтверждений в русской ономастике, и географически фамилия не тяготеет к регионам активного тюркско-славянского контакта. Правдоподобнее всего видеть в Больжатове потомка человека, которого в деревне уважительно называли Больжаком — за рост, силу или старшинство.

Фамилия не попала в дворянские родословные книги и не фиксируется в дореволюционных справочниках титулованных родов. Это указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Сегодня Больжатовы встречаются единично, преимущественно в центральных и северных областях России, что подтверждает версию о локальном, диалектном корне.