Фамилия Бонер — один из тех случаев, где внешняя простота обманчива, а корень может вести сразу в несколько языков. В русском контексте она почти наверняка не исконная, а пришлая, и разбирать её стоит через призму миграций и заимствований.

Самая вероятная основа — немецкое слово «Bohner», которое в южных и западных говорах Германии означало «боб» (современное литературное «Bohne»). Фамилия могла закрепиться за крестьянином, выращивавшим бобовые, или стать прозвищем для невысокого, плотного человека — по аналогии с формой боба. В пользу немецкого происхождения говорит и типичный для немецких фамилий суффикс -er, обозначающий род деятельности или характерный признак. Носители такой фамилии — потомки немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Российскую империю (Поволжье, Причерноморье, Волынь).

Вторая, более редкая версия — французский след. Слово «bonheur» (счастье, удача) в усечённой форме «Bonheur» могло превратиться в фамилию Бонер, особенно в среде дворян-эмигрантов или гувернёров. Но это гипотеза: полная форма «Бонёр» встречается чаще, а без диакритических знаков отличить её от немецкого варианта почти невозможно.

Словообразовательная модель здесь простая: корень «бон-» плюс суффикс -ер. В русском языке фамилия не склоняется по типу притяжательных (как Иванов или Соколов), а остаётся неизменяемой, что типично для заимствованных фамилий на согласный. Географически Бонеры в России рассеяны, но заметное число носителей живёт в Саратовской и Волгоградской областях — бывших колониях поволжских немцев.

Спорных моментов два. Первый: не путать с фамилией Боннер, которая почти всегда имеет еврейские корни (от «бонэ» — строитель на иврите) или английское происхождение (от «boner» — грубая ошибка). Второй: в единичных случаях Бонер могла возникнуть как русификация польской фамилии Boner (от «bona» — добрая, хорошая), но это единичные случаи, не образующие системы.

Итог: скорее всего, ваш предок — немецкий колонист-земледелец, чью фамилию записали на слух, без привязки к русским суффиксам. Фамилия редкая, но с чёткой географической привязкой к местам компактного проживания немцев в России.