Фамилия Бонка чаще всего — украинская адаптация польской фамилии Бонк. Исходная польская фамилия восходит к прозвищу от слова bąk, у которого два основных значения. Первое — «выпь» (болотная птица). Прозвище могли дать длинноногому человеку или тому, кто жил у болота. Второе значение — «слепень», отсюда версия, что Бонком называли докучливого, надоедливого человека. Однако не исключено, что в основе фамилии лежит и мирское имя Бонк, бытовавшее до введения христианских имен.

У фамилии есть и другая, молдавская ветвь. В Молдавии Бонка могла образоваться от прозвища, восходящего к слову boncăi — «мычать, реветь». В этом случае прозвище указывало на особенности речи или громкий голос предка.

Сведения о носителях фамилии встречаются в документах. Например, из Сведений ДКНБ РК по Южно-Казахстанской области известен Бонка Василий Андреевич, родившийся в 1896 году в Бессарабской губернии. Эта запись косвенно подтверждает связь фамилии с территорией бывшей Бессарабии, где веками пересекались украинское, польское и молдавское влияние. Таким образом, фамилия Бонка — не единый корень, а как минимум два разных очага происхождения, которые со временем слились в одну фамилию.