Фамилия Борькины — одна из тех, что не нуждается в сложной расшифровке: её основа лежит на поверхности. Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени отца. В основе лежит имя Борька — ласковая, уменьшительная форма крестильного имени Борис.

С происхождением самого имени Борис не всё однозначно, и у исследователей есть две основные версии. Первая, более распространённая, связывает его со славянским именем Борислав, где корень «бор» означает «борьба», а вторая часть — «слава». В таком случае Борис — это просто усечённый вариант этого двусоставного имени. Вторая версия отсылает к болгарскому слову «борец». Какая из них верна — вопрос открытый, но для фамилии это не принципиально: в любом случае прозвище или домашнее имя Борька отсылало к человеку по имени Борис.

Фамилия образована по самой продуктивной русской модели: к основе Борьк- добавился суффикс принадлежности -ин. В классической русской системе фамилий суффикс -ин указывал на принадлежность «чьему-то дому», «чьему-то сыну». Поэтому первоначальный смысл фамилии Борькин — «сын Борьки» или «человек из семьи Борьки». Форма множественного числа — Борькины — характерна для фамилий, которые закрепились за целым родом или семьёй, и часто встречается в северных и центральных областях России, где было принято говорить о всей семье как о «Борькиных».

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно — процесс шёл постепенно, и крестьянские фамилии в массе своей оформились лишь к XIX веку. Однако суффикс -ин и простота основы говорят о том, что фамилия не дворянская и не искусственная: она выросла из живого обихода. Человека, который дал ей начало, скорее всего, звали Борис, а в быту — Борька. Его дети и внуки стали Борькиными, и фамилия закрепилась за родом.