Фамилия Боркунов — типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ов». Она отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын (или потомок) Боркуна». В основе лежит прозвище Боркун, а вот его происхождение — предмет спора, и здесь есть несколько версий, ни одна из которых не является однозначно главной.

Первая версия отсылает к западным русским говорам, где слово «борк» означало стебель, ствол, дудку или очин пера (часть гусиного пера, которой писали). Если прозвище Боркун дали человеку, связанному с «борком», то это мог быть писец — тот, кто постоянно имел дело с очином. Вторая версия выводит прозвище из глагола «боркать» — стучать, бренчать, а также бормотать или ворчать. Здесь открывается широкое поле значений: Боркуном могли назвать плотника или лесоруба (стук топора), музыканта (бренчание на инструменте) или просто вспыльчивого, ворчливого человека. Третья, менее распространённая гипотеза, связывает прозвище с диалектным словом «боркан» — морковь. В этом случае предок мог заниматься выращиванием моркови на продажу.

С точки зрения словообразования фамилия абсолютно прозрачна: суффикс -ов присоединился к основе Боркун-, закрепив за потомками прозвище родоначальника. Фамилия не относится к числу очень редких, но и не массовая. Встречается в разных регионах, чаще — в центральной России и Поволжье. Сравнение с однокоренными фамилиями (Борков, Боркунов) показывает, что вариант с суффиксом -ун (Боркун) подчёркивает деятеля: это не просто «относящийся к борку», а «тот, кто делает что-то, связанное с борком». Такая модель типична для прозвищ, образованных от глаголов (например, Молчун, Говорун). Таким образом, самая правдоподобная версия — происхождение от глагола «боркать», так как она объясняет и активный суффикс -ун, и разнообразие возможных занятий предка.