Фамилия Боркунова — женская форма, а её основа — мужское прозвище или мирское имя Боркун. В русской традиции такие имена не были редкостью: до повсеместного внедрения церковных календарей ребёнка могли назвать словом, отражающим пожелание или черту характера.

Древнерусское имя Боркун, скорее всего, связано с глаголом «бороться». Называя сына Боркуном, родители желали ему силы и способности постоять за себя. Однако это лишь одна из версий, и не самая очевидная. Куда конкретнее выглядит связь с диалектным глаголом «боркать» — стучать, бренчать, а также бормотать или ворчать. В этом случае Боркуном могли прозвать человека по профессии или привычке: плотника или лесоруба (стук топора), музыканта (бренчание на инструменте) либо просто ворчливого, бурчащего старика.

Есть и третий, более неожиданный вариант: прозвище могло возникнуть от слова «боркан» — так в некоторых русских говорах называли морковь. Если это так, то Боркун — это огородник, торговавший морковью. Такие «овощные» прозвища встречаются, но обычно они образуются напрямую от названия (Морковкин, Репнин), а не через искажённую форму, поэтому эта гипотеза менее вероятна.

Сама фамилия образована по стандартной модели: к основе Боркун прибавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Боркунов). В женском роде окончание меняется на -а. Суффикс -ун в основе имени или прозвища характерен для древнерусских имён, образованных от глаголов (Хвастун, Говорун, Болтун), и часто указывал на действующее лицо: Боркун — тот, кто «боркает» или борется. Таким образом, фамилия Боркунова — это буквально «жена или дочь Боркуна», а её корни уходят в прозвищную культуру Древней Руси.