Фамилия Боркунцова — редкий случай, когда географическое прозвище почти наверняка перевесило все другие версии. Её основа — топоним Боркунцы или Боркунец. Такое название носит село Боркуны в Подолье, но ещё точнее — деревня Боркунцы, которая существовала на территории современной Беларуси или западной Украины. Суффикс -ц- в основе указывает на выходца из конкретного места: «боркунец» — житель Боркунцов. А далее по стандартной модели образовалась фамилия Боркунцов, а её женская форма — Боркунцова.

Само название села, скорее всего, восходит к диалектному слову «боркун» или «боркунец». В юго-западных говорах так могли называть ворчливого, бормочущего человека, того, кто «боркочет» — говорит невнятно или сердито. Но не исключено, что корень связан с «бор» — сосновый лес. Тогда Боркунцы — это «лесные люди» или поселение у бора. В любом случае, прозвище или название места имело понятную бытовую мотивировку.

Суффикс -ов- в окончании фамилии типичен для русской ономастики: он закрепился в документах, когда крестьян или мещан записывали по месту выхода. То есть предок носителя фамилии не был дворянином — скорее всего, он переселился из села Боркунцы в другую местность, и его прозвали «Боркунцов» по старому адресу. Такой тип фамилий особенно характерен для южнорусских и белорусских земель, где активно шли миграции в XVI–XVIII веках.

Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая. Основной ареал — центральные области России, куда в XIX веке перемещались крестьяне с запада. Вариант Боркунцова, естественно, принадлежит женщинам, но в мужском роде фамилия склоняется как Боркунцов. Спорных версий немного: иногда её путают с фамилией Боркунов, образованной от прозвища «боркун» (ворчун), но суффикс -ц- однозначно указывает на топонимическое происхождение. Так что если ваша фамилия Боркунцова, ваши предки с большой вероятностью были выходцами из одного подольского или белорусского села, название которого уже почти стёрлось с карты.